《轉(zhuǎn)》的品牌專訪欄目，是與業(yè)內(nèi)專家、大咖，知名企業(yè)首席科學家們交流碰撞的平臺，也是促進行業(yè)健康發(fā)展的重要力量，《轉(zhuǎn)》訪致力于打造知名專家訪談欄目。

隨著科技的飛速進步，人工智能（AI）與分子模擬技術(shù)已成為研發(fā)領(lǐng)域的重要推動力。在此背景下，菲鵬集團旗下的菲鵬數(shù)輝憑借其在AI與分子模擬領(lǐng)域的深厚積累和前沿技術(shù)，正引領(lǐng)著新一輪創(chuàng)新浪潮。

近日，在上海舉行的AIBC大會上，菲鵬數(shù)輝首度亮相AI蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象預(yù)測新品——DeepConformer，引來現(xiàn)場熱議，菲鵬數(shù)輝創(chuàng)始人兼首席科學家馬步勇教授也做了關(guān)于AI蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象預(yù)測這一前沿課題的主題演講。后續(xù)的演講者，也在分享中引用到馬步勇教授的一些研究發(fā)現(xiàn)和思考。

此次有幸邀約到馬步勇教授接受專訪，近距離聆聽智者智慧并分享對話，以饗讀者。

馬步勇教授擁有豐富的國際學術(shù)背景，曾在美國佐治亞大學攻讀化學博士，并在美國國家衛(wèi)生研究院（NIH）從事計算生物學研究長達20余年，2020年回國任上海交通大學藥學院長聘教授。2022年，他擔任菲鵬數(shù)輝的首席科學家，致力于將AI與分子模擬技術(shù)應(yīng)用于前沿設(shè)計、蛋白質(zhì)工程等前沿領(lǐng)域。

本次采訪圍繞馬步勇教授的個人背景、菲鵬數(shù)輝的發(fā)展理念、AI在前沿設(shè)計中的應(yīng)用以及“構(gòu)象選擇機制”靶點理論的創(chuàng)新之處等方面展開，以期為讀者提供深入了解AI與分子模擬技術(shù)在前沿領(lǐng)域應(yīng)用的機會，以下為訪談內(nèi)容。

菲鵬數(shù)輝創(chuàng)始人兼首席科學官馬步勇

01

看到AI與生物科學結(jié)合的巨大可能性

問：馬教授您好，請和大家介紹下您的背景和經(jīng)歷。

菲鵬數(shù)輝馬步勇：1991年，我進入佐治亞大學，當時正是計算機技術(shù)在計算化學、人工智能領(lǐng)域取得突破的重要時刻。依托學校強大的計算化學研究實力，我選擇了量子計算化學作為博士研究方向，并深入分子力學研究。隨后，我加入美國NIH國家衛(wèi)生研究院，專注于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能的計算生物學研究達20余年，為我在生物科學的計算應(yīng)用方面積累了深厚的理論與實踐經(jīng)驗。2020年，我返回上海，帶領(lǐng)團隊繼續(xù)推進計算化學與生物學研究，致力于健康設(shè)計和科學研究。

問：作為菲鵬數(shù)輝首席科學家，您眼中它的發(fā)展理念是怎樣的？

菲鵬數(shù)輝馬步勇：菲鵬數(shù)輝（Fapon Digiwiser）專注于AI與分子模擬（MD）技術(shù)，在生物技術(shù)、大分子、蛋白質(zhì)工程和合成生物學領(lǐng)域發(fā)揮關(guān)鍵作用。其發(fā)展理念涵蓋創(chuàng)新驅(qū)動、人才培養(yǎng)和引進，以及合作共贏。通過技術(shù)創(chuàng)新，菲鵬數(shù)輝致力于提升前沿設(shè)計和生物工程的效率和準確性，并不斷優(yōu)化模擬技術(shù)。公司吸引多學科人才，與國內(nèi)外機構(gòu)合作，推動前沿科學發(fā)展，同時提供定制化服務(wù)，滿足市場需求，保持行業(yè)領(lǐng)先地位。

02

讓菲鵬數(shù)輝專注于AI結(jié)合分子模擬的前沿模式

問：馬教授，您是如何將人工智能技術(shù)應(yīng)用于前沿設(shè)計的，能否介紹一些具體案例？

菲鵬數(shù)輝馬步勇：菲鵬數(shù)輝專注結(jié)合AI和分子模擬技術(shù)，應(yīng)用于前沿設(shè)計。通過AI分析分子軌跡和分子模擬優(yōu)化，我們成功改造了針對淀粉樣多肽Α-β的抗體，對抗蛋白質(zhì)構(gòu)象疾病，取得顯著成果。此外，我們還開展了核酸適配體設(shè)計和mRNA疫苗遞送優(yōu)化工作，旨在提高穩(wěn)定性、增強抗體滴度，推動技術(shù)發(fā)展。

03

構(gòu)象選擇理論帶來前沿設(shè)計底層邏輯的變革

問：您提出的“構(gòu)象選擇機制”靶點理論有什么創(chuàng)新之處，它對健康設(shè)計和優(yōu)化有什么實際影響？

菲鵬數(shù)輝馬步勇：作為健康設(shè)計領(lǐng)域的專家，我深知傳統(tǒng)健康設(shè)計主要依賴于靜態(tài)的晶體結(jié)構(gòu)，即“基于結(jié)構(gòu)的健康設(shè)計”（SBDD）。然而，隨著研究的深入，我們提出了構(gòu)象選擇理論，即一種基于動態(tài)構(gòu)象的健康設(shè)計方法。構(gòu)象選擇理論揭示了蛋白質(zhì)在執(zhí)行功能時會選擇性地采用特定構(gòu)象，使其與其他分子相互作用并完成特定的生物學功能，是從基于結(jié)構(gòu)的診療設(shè)計到基于動態(tài)構(gòu)象的診療設(shè)計的重要基礎(chǔ)。

問：那這次全新的 AI 蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象模型 DeepConformer，我們了解到在預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)動態(tài)變化、加速健康研發(fā)方面有非常優(yōu)異的表現(xiàn)，這是如何實現(xiàn)的？

菲鵬數(shù)輝馬步勇：DeepConformer的底層邏輯是AI蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象預(yù)測。

我們知道，在當下的技術(shù)領(lǐng)域，對蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象的預(yù)測優(yōu)勢顯著。

首先，它能夠識別多種構(gòu)象，克服了傳統(tǒng)方法僅關(guān)注靜態(tài)結(jié)構(gòu)的局限性。由于蛋白質(zhì)在功能上能夠展現(xiàn)出不同的構(gòu)象，動態(tài)構(gòu)象設(shè)計能夠捕捉這些變化，進而分析診療與不同構(gòu)象的結(jié)合效果。這不僅增加了診療設(shè)計的特異性，還提高了診療與特定構(gòu)象的親和力。

在靶點優(yōu)化方面，多構(gòu)象識別同樣具有巨大潛力。通過識別和利用蛋白質(zhì)的不同構(gòu)象，我們能夠發(fā)現(xiàn)更多潛在的診療設(shè)計靶點，從而擴大診療設(shè)計的空間。此外，結(jié)合人工智能和分子模擬技術(shù)，我們可以高效地進行篩選和優(yōu)化，提高開發(fā)的成功率和效率。

04

展望菲鵬數(shù)輝：引領(lǐng)研發(fā)與AI融合新浪潮

問：那您對未來研發(fā)領(lǐng)域的發(fā)展趨勢有什么樣的預(yù)測和展望，菲鵬數(shù)輝會如何把握這些機遇和挑戰(zhàn)？

菲鵬數(shù)輝馬步勇：作為菲鵬數(shù)輝的引領(lǐng)者，我深切感受到大數(shù)據(jù)、基因組學和生物信息學的蓬勃發(fā)展如何推動了人工智能在研發(fā)領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用。回想起二三十年前，計算生物學和計算化學剛剛起步，計算機輔助健康設(shè)計在國際領(lǐng)域嶄露頭角。如今，計算化學/分子模擬已深度融入到研發(fā)的每一個環(huán)節(jié)，同樣，人工智能也在研發(fā)的各個階段發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。

特別在多靶點設(shè)計方面，人工智能的結(jié)合帶來了前所未有的機遇，結(jié)合生物技術(shù)和基因編輯的突破，我們能夠?qū)⑦@種技術(shù)應(yīng)用于從小分子、大分子到細胞療法的廣闊領(lǐng)域。對于臨床試驗，我認為如果與早期研發(fā)緊密結(jié)合，其意義將更加深遠。

在菲鵬數(shù)輝，我們不僅僅關(guān)注生物技術(shù)本身，更重視整個人工智能在生物制造和生物合成領(lǐng)域的潛力。為了把握這些機遇，我們制定了五大戰(zhàn)略：

首先，我們致力于技術(shù)創(chuàng)新和研發(fā)投入，這是我們在高速迭代的人工智能領(lǐng)域立足的基石。

其次，我們積極尋求國際合作，推動數(shù)據(jù)共享和模型交互，共同推動行業(yè)進步。

再次，我們重視服務(wù)創(chuàng)新，確保我們的技術(shù)和服務(wù)能夠迅速適應(yīng)市場需求。

另外，我們注重人才培養(yǎng)和團隊建設(shè)，努力構(gòu)建一支既具備技術(shù)創(chuàng)新能力又能夠服務(wù)客戶的專業(yè)隊伍。

最后，我們也進行合理的商業(yè)布局，確保數(shù)輝在技術(shù)創(chuàng)新和商業(yè)發(fā)展之間找到最佳平衡點。

未來，數(shù)輝將繼續(xù)在研發(fā)和人工智能在生物領(lǐng)域的應(yīng)用上探索前行，為人類健康事業(yè)貢獻我們的智慧和力量。

05

攜手菲鵬數(shù)輝：期待更多創(chuàng)新突破及市場價值顯現(xiàn)

問：菲鵬數(shù)輝的技術(shù)在業(yè)界已處于前沿、領(lǐng)先地位，您會考慮技術(shù)市場化、讓菲鵬數(shù)輝接受市場投資嗎？

菲鵬數(shù)輝馬步勇：在面臨眾多挑戰(zhàn)與機遇的當下，我深知市場投資對于菲鵬數(shù)輝發(fā)展的重要性。它不僅能助力我們迅速擴大業(yè)務(wù)規(guī)模，特別是在動態(tài)構(gòu)象設(shè)計、大分子、小分子適配體等領(lǐng)域，讓核心技術(shù)得到更廣泛的應(yīng)用。同時，市場投資也是我們加速技術(shù)研發(fā)、提升市場競爭力的強大動力。

隨著行業(yè)內(nèi)的競爭日益激烈，越來越多的企業(yè)加入其中，從各個角度尋求解決方案。在這種環(huán)境下，我堅信，有了資金的支持，我們能夠更好地進行市場推廣和品牌建設(shè)，從而在市場中脫穎而出。

未來，我希望能夠與大家保持緊密的聯(lián)系，增進相互了解，共同提升菲鵬數(shù)輝的技術(shù)實力。我們追求的不只是眼前的成功，更是長遠的價值和持續(xù)的發(fā)展。讓我們攜手前行，共創(chuàng)美好未來。

結(jié)語

訪談間，菲鵬數(shù)輝的團隊成員親切稱呼他“馬老師”。我們也在與馬老師的深入對話中，感受到他對菲鵬集團以及菲鵬數(shù)輝未來發(fā)展的堅定信念和對市場投資價值的深刻理解。

馬老師精深的學識、對學術(shù)鉆研的赤子之心，令人神往。相信不久的將來，菲鵬數(shù)輝定能在動態(tài)構(gòu)象設(shè)計、大分子、小分子、適配體等領(lǐng)域取得更多突破，將核心技術(shù)應(yīng)用于更廣泛的領(lǐng)域，推動公司業(yè)務(wù)快速發(fā)展。

希望與菲鵬集團、菲鵬數(shù)輝保持緊密聯(lián)系，共同見證其品牌建設(shè)的成就和市場推廣的成效。感謝馬老師的分享，期待菲鵬數(shù)輝精彩下一站。

菲鵬集團是一家全球領(lǐng)先的生命科學組織，專注于提供體外診斷、創(chuàng)新生物制藥與治療、智能數(shù)字診療等解決方案與服務(wù)。在體外診斷領(lǐng)域，菲鵬致力于為客戶提供原料、開放儀器平臺和試劑解決方案的一站式服務(wù)，現(xiàn)已發(fā)展成為行業(yè)領(lǐng)先的體外診斷上游平臺企業(yè)。同時，菲鵬在制藥和AI算法平臺上不斷創(chuàng)新，結(jié)合豐富的數(shù)據(jù)洞察，助力構(gòu)建一個更加健康和美好的世界。

菲鵬數(shù)輝是菲鵬集團旗下一家以高性能計算和人工智能為核心的創(chuàng)新型生物設(shè)計公司，致力于將人工智能與分子模擬技術(shù)相結(jié)合并廣泛應(yīng)用于大分子的設(shè)計與調(diào)控。作為行業(yè)領(lǐng)先的蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象專家，菲鵬數(shù)輝以全新的蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象模型 DeepConformer 及蛋白分子模擬雙引擎的模式，推動生命科學前沿探索，實現(xiàn)了蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象預(yù)測的精準與高效。同時，公司在獲取蛋白質(zhì)分子的動態(tài)特征、探索蛋白質(zhì)分子的活性位點和功能機制上具備行業(yè)領(lǐng)先的優(yōu)勢。

免責聲明：市場有風險，選擇需謹慎！此文僅供參考，不作買賣依據(jù)。